In der zweiten Förderrunde 2025 führt JournaFONDS neben der themenoffenen, allgemeinen Ausschreibung zusätzlich zwei themenspezifische Ausschreibungen durch. Eingabenfrist für alle Projekte ist der 1. August 2025.

Einerseits stehen Extramittel zur Verfügung für bernische Themen, also für kantonale, regionale oder lokale Themen aus und zu Bern. Diese Sonderausschreibung wird gefördert von der Burgergemeinde Bern und dem Kanton Bern.

Andererseits stehen weitere Extramittel zur Verfügung für Recherchen zu Wirtschafts-, Polit- und Gesellschaftsthemen mit Bezug zu Zug und/oder zur Zentralschweiz. Diese Sonderausschreibung finanziert Daniel Brunner, früherer Verleger und Politiker aus Zug sowie Gründer des Dokumentationszentrums Doku-Zug.

Wie alle anderen Geldgeber auch haben Burgergemeinde Bern und Kanton Bern sowie Daniel Brunner keinen Einfluss auf die Auswahl der Rechercheprojekte, die JournaFONDS finanziell unterstützt. Diese werden von einer unabhängigen Fachjury bestimmt, die sich aus Medienschaffenden sowie Vertreterinnen und Vertretern der Zivilgesellschaft zusammensetzt.